うっかり森で迷子になってしまったフルーティーおばあちゃんは、一匹の神秘的な白鹿に出会う。おばあちゃんは、白鹿に導かれ、モンスターの世界へ。そして、そのままモンスターフルーツアカデミーの先生に就任する。
モンスターフルーツアカデミーには、さまざまな妖怪たちがいる。電気を操る庫倫(クルン)、炎を操る火猴(ホーホウ)、風を操る艾里(アイリ)、巨人族の嘎嘎(ガガイ)。
彼らは、人間であるフルーティーおばあちゃんの訪問に不安を覚え、モンスターの世界から追い出そうとたくらむ。しかし、小さなモンスターたちは、どんなに手を尽くしても、うまくいかず、追い出すどころか、逆におばあちゃんに心をつかまれ、唯一無二の仲良しになる。
ところが、この美しい世界の平和は永遠ではなかった。古くから伝わる恐ろしい予言がまさに迫っていた。強大な妖魔が、闇に隠れ時をうかがい、何度もしつこく襲いかかり、ついに白鹿のおじいさんを誘拐してしまう。はたして、世界滅亡の予言を阻止することができるのか。フルーティーおばあちゃんとちびっこモンスターたちの戦いが始まる。